Με την ολοκλήρωση της θητείας του, αποφάσισε την αυτεπάγγελτη αποστρατεία του μέχρι σήμερα Αρχηγού του Πυροσβεστικού Σώματος, στη συνεδρίασή του το Κυβερνητικό Συμβούλιο Εξωτερικών και Άμυνας
Ο Στέφανος Κολοκούρης, ανέλαβε θητεία ως Αρχηγός του Πυροσβεστικού Σώματος, το Φεβρουάριο του 2020, καθώς προήχθη από τη θέση του Υπαρχηγού Επιχειρήσεων του Πυροσβεστικού Σώματος. Είχε διαδεχθεί τον Αντιστράτηγο Βασίλη Ματαθαιόπουλο, με θητεία επί Κυβέρνηση ΣΥΡΙΖΑ, ο οποίος είχε αναλάβει καθήκοντα τον Αύγουστο του 2018 αντικαθιστώντας τον τότε Αρχηγό Σωτήρη Τερζούδη. Ο Βασιλης Ματθαιόπουλος ως Αρχηγός του Π.Σ είχε την απόλυτη ευθύνη για την φονική πυρκαγιά στο Μάτι (23/07 2018) με τους 102 νεκρούς. Ωστόσο ως Διοικητής της 1ης ΕΜΑΚ, ο μετέπειται Αρχηγός του Π.Σ, Αντιστάτηγος Στέφανος Κολοκούρης, είχε παραπεμφθεί σε έρευνα της Εισαγγελίας για την απόδοση ευθυνών .
Όπως επισημαίνουν κύκλοι του Π.Σ στο NantiaReport.gr, αναφορικά με την αποστατεία του Αντιστατήγου εα Στέφανου Κολοκούρη, «διετέλεσε ως ο μακροβιότερος από τους Αξιωματικούς στη θέση του Αρχηγού του Π.Σ. Υπάρχει η δυνατότητα ανανέωσης στα καθήκοντα του Αρχηγού για το Π.Σ δύο σύν ένα έτη, αλλά αυτό τίθεται υπό κρίση. Κατά τη συνεδρίαση του Κυβερνητικού Συμβουλίου Εξωτερικών και Άμυνας, το πρωί της Πέμπτης (27/01) αποφάσιτηκε η αυτεπάγγελτη αποστρατεία του».
Τη θέση του νέου Αργηχού του Π.Σ ανέλαβε με απόφαση ΚΥ.Σ.Ε.Α ο Αντιστάτηγος του Π.Σ Αλέξιος Ράπανος, ενώ στον εα Αντιστράτηγο Π.Σ. Στέφανο Κολοκούρη, απονεμήθηκε ο βαθμός του Στρατηγού εν αποστρατεία και ο τίτλος του Επίτιμου Αρχηγού του Π.Σ.