Τα δημοσιεύματα με τις αναφορές από άμβωνος του Μητροπολίτη Χίου Μάρκου απέστειλε στον Εισαγγελέα ο Γενικός Γραμματέας Ανθρωπίνων Δικαιωμάτων Κωστής Παπαϊωάννου, προκειμένου να διερευνηθεί αν διέπραξε αξιόποινες πράξεις. 
Ο Μητροπολίτης Χίου σε κήρυγμα του προς το ποίμνιό του, ανέφερε στο κύρηγμά του, ότι «δεν υπάρχουν πρόσφυγες, είναι όλοι λαθρομετανάστες». Στις αναφορές του, για τους ομοφυλόφιλους, «καταδίκασε» την επιλογή τους, στο σύμφωνο συμβίωσης, ενώ για τους Δημάρχους ανέφερε, ότι «δεν είναι δυνατόν να παντρεύουν ζευγάρια εκείνοι που μαζεύουν τα σκουπίδια μας».
Στις αναφορές του, για την ανέγερση μουσουλμανικού τεμένους στην Αθήνα, ο Μητροπολίτης ανέφερε, ότι οι πολιτικοί μας «έχουν κατεβάσει τα παντελόνια και προσκυνούν» κι ότι «παραδίδουν τη χώρα», και κάλεσε τους πιστούς να φωνάξουν δυνατά την αντίθεση τους στη στάση των Βουλευτών και να μην επιτρέψουν τη δημιουργία τεμένους.